Le Muséum-Aquarium présente 57 aquariums répartis de la façon suivante : 23 aquariums d’eau douce tropicale, 29 aquariums d’eau de mer tropicale, 1 aquarium d’eau de mer tempérée et 1 aquarium d’eau saumâtre. Sont exposées environ 80 espèces de vertébrés d’eau douce appartenant à 35 familles, 110 espèces de vertébrés d’eau de mer appartenant à 30 familles ainsi que de nombreux non vertébrés (échinodermes, mollusques, crustacés…).
Les espèces présentées sont tropicales et représentatives de l’ensemble de cette zone :
- eau douce : lacs et cours d'eaux d'Amérique tropicale, d'Asie tropicale, d'Afrique tropicale et de Madagascar ;
- eau saumâtre : côtes du Pacifique de l'Asie tropicale ;
- Eau de mer : récifs coralliens de mer rouge, des Caraïbes ou d'Indo-Pacifique.
